Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHMT2P34897 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SHMT2P34897 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms