Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SEMA3DO95025 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SEMA3DO95025 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SEMA3DO95025 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SEMA3DO95025 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms