RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 NISCHQ9Y2I1 1504 aa16.26■□□□□ 0.19
USP54-210ENST00000466048 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa14.16□□□□□ -0.14
USP54-210ENST00000466048 DCAF8L2P0C7V8 631 aa13.9□□□□□ -0.18
USP54-210ENST00000466048 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP13.69□□□□□ -0.22
USP54-210ENST00000466048 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa13.51□□□□□ -0.25
USP54-210ENST00000466048 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa13.34□□□□□ -0.27
USP54-210ENST00000466048 MYO15BQ96JP2 1530 aa13.3□□□□□ -0.28
USP54-210ENST00000466048 NACADO15069 1562 aa13.17□□□□□ -0.3
USP54-210ENST00000466048 ABCC9O60706 1549 aa13.14□□□□□ -0.31
USP54-210ENST00000466048 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa13.02□□□□□ -0.33
USP54-210ENST00000466048 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP13□□□□□ -0.33
USP54-210ENST00000466048 SCRIBQ14160 1630 aa12.96□□□□□ -0.33
USP54-210ENST00000466048 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP12.66□□□□□ -0.38
USP54-210ENST00000466048 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP12.61□□□□□ -0.39
USP54-210ENST00000466048 UNC13AQ9UPW8 1703 aa12.56□□□□□ -0.4
USP54-210ENST00000466048 CECR2Q9BXF3 1484 aa12.52□□□□□ -0.4
USP54-210ENST00000466048 CHIC1Q5VXU3 224 aa12.51□□□□□ -0.41
USP54-210ENST00000466048 MROH2BQ7Z745 1585 aa12.5□□□□□ -0.41
USP54-210ENST00000466048 SMARCA4P51532 1647 aa12.46□□□□□ -0.41
USP54-210ENST00000466048 BICRAQ9NZM4 1560 aa12.44□□□□□ -0.42
USP54-210ENST00000466048 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP12.41□□□□□ -0.42
USP54-210ENST00000466048 WIZO95785 1651 aa12.4□□□□□ -0.42
USP54-210ENST00000466048 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP12.39□□□□□ -0.43
USP54-210ENST00000466048 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP12.32□□□□□ -0.44
USP54-210ENST00000466048 SMARCA2P51531 1590 aa12.31□□□□□ -0.44
USP54-210ENST00000466048 PEG3Q9GZU2 1588 aa12.3□□□□□ -0.44
USP54-210ENST00000466048 TRIM41Q8WV44 630 aa12.29□□□□□ -0.44
USP54-210ENST00000466048 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP12.22□□□□□ -0.45
USP54-210ENST00000466048 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa12.21□□□□□ -0.45
USP54-210ENST00000466048 CCDC88BA6NC98 1476 aa12.21□□□□□ -0.46
USP54-210ENST00000466048 MYT1Q01538 1121 aa12.2□□□□□ -0.46
USP54-210ENST00000466048 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP12.2□□□□□ -0.46
USP54-210ENST00000466048 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP12.13□□□□□ -0.47
USP54-210ENST00000466048 HMGXB3Q12766 1538 aa12.13□□□□□ -0.47
USP54-210ENST00000466048 NCAPD3P42695 1498 aa12.11□□□□□ -0.47
USP54-210ENST00000466048 EEA1Q15075 1411 aa12.03□□□□□ -0.48
USP54-210ENST00000466048 EHMT2Q96KQ7 1210 aa12□□□□□ -0.49
USP54-210ENST00000466048 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP11.99□□□□□ -0.49
USP54-210ENST00000466048 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa11.96□□□□□ -0.49
USP54-210ENST00000466048 ABCC8Q09428 1581 aa11.95□□□□□ -0.5
USP54-210ENST00000466048 APLP2Q06481 763 aa11.93□□□□□ -0.5
USP54-210ENST00000466048 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa11.9□□□□□ -0.51
USP54-210ENST00000466048 CFTRP13569 1480 aa11.87□□□□□ -0.51
USP54-210ENST00000466048 CSRNP3Q8WYN3 585 aa11.85□□□□□ -0.51
USP54-210ENST00000466048 PRDM2Q13029 1718 aa11.83□□□□□ -0.51
USP54-210ENST00000466048 TOP2BQ02880 1626 aa11.83□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 CADPSQ9ULU8 1353 aa11.83□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 SYNJ1O43426 1573 aa11.82□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa11.81□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 GOLGA3Q08378 1498 aa11.8□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 CEP164Q9UPV0 1460 aa11.79□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 SOGA1O94964 1423 aa11.78□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 TNIKQ9UKE5 1360 aa11.78□□□□□ -0.52
USP54-210ENST00000466048 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP11.76□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 UBTFP17480 764 aaKnown RBP11.76□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 KIF21BO75037 1637 aa11.75□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP11.74□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 KIF27Q86VH2 1401 aa11.72□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 PCGF6Q9BYE7 350 aa11.71□□□□□ -0.53
USP54-210ENST00000466048 CUX1P39880 1505 aa11.7□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa11.7□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 CEP162Q5TB80 1403 aa11.69□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 FANCD2Q9BXW9 1451 aa11.68□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP11.67□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa11.67□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 ERICH3Q5RHP9 1530 aa11.66□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 PDS5BQ9NTI5 1447 aa11.66□□□□□ -0.54
USP54-210ENST00000466048 DNMBPQ6XZF7 1577 aa11.63□□□□□ -0.55
USP54-210ENST00000466048 CLIP1P30622 1438 aa11.6□□□□□ -0.55
USP54-210ENST00000466048 FGD5Q6ZNL6 1462 aa11.59□□□□□ -0.55
USP54-210ENST00000466048 CUX2O14529 1486 aa11.59□□□□□ -0.55
USP54-210ENST00000466048 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP11.59□□□□□ -0.55
USP54-210ENST00000466048 PRXQ9BXM0 1461 aa11.58□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP11.56□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 HRCP23327 699 aa11.56□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa11.56□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 ERCC6Q03468 1493 aa11.55□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP11.55□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 TOPBP1Q92547 1522 aa11.55□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 NESP48681 1621 aa11.52□□□□□ -0.56
USP54-210ENST00000466048 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa11.52□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 FBLN2P98095 1184 aa11.52□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 VPS8Q8N3P4 1428 aa11.51□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa11.5□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP11.49□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 IGF1RP08069 1367 aa11.49□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP11.49□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP11.49□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 CUL7Q14999 1698 aa11.48□□□□□ -0.57
USP54-210ENST00000466048 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP11.45□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 MRC2Q9UBG0 1479 aa11.45□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa11.42□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa11.42□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP11.4□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 MYT1LQ9UL68 1186 aa11.4□□□□□ -0.58
USP54-210ENST00000466048 GAPVD1Q14C86 1478 aa11.39□□□□□ -0.59
USP54-210ENST00000466048 WDR97A6NE52 1622 aa11.39□□□□□ -0.59
USP54-210ENST00000466048 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP11.39□□□□□ -0.59
USP54-210ENST00000466048 FHAD1B1AJZ9 1412 aa11.38□□□□□ -0.59
USP54-210ENST00000466048 EFCAB5A4FU69 1503 aa11.37□□□□□ -0.59
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.7 ms