RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	TIF6	Q12522	245 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
VAR1	Q0140	YML122C	Q03207	126 aa		7.8	□□□□□ -1.16
VAR1	Q0140	GTS1	P40956	396 aa		7.79	□□□□□ -1.16
VAR1	Q0140	SUT1	P53032	299 aa	Known RBP	7.76	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	YIG1	Q08956	461 aa		7.76	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	YLR358C	O13565	187 aa		7.75	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	RAD55	P38953	406 aa		7.75	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	PUN1	Q06991	263 aa		7.75	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	ALG6	Q12001	544 aa	Known RBP	7.75	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	PSY2	P40164	858 aa		7.73	□□□□□ -1.17
VAR1	Q0140	PRE10	P21242	288 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.72	□□□□□ -1.17	not detected
VAR1	Q0140	IRS4	P36115	615 aa	Known RBP	7.71	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	SNO2	P53823	222 aa		7.68	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	MEC3	Q02574	474 aa		7.68	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	HTS1	P07263	546 aa	Known RBP	7.67	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	7.66	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	APC11	Q12157	165 aa		7.66	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	REI1	P38344	393 aa	Predicted RBP	7.65	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	SLI1	P53304	468 aa		7.65	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	PUS9	Q12069	462 aa		7.65	□□□□□ -1.18
VAR1	Q0140	RPB10	P22139	70 aa		7.64	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	PUF6	Q04373	656 aa	Known RBP	7.64	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	SRS2	P12954	1174 aa		7.63	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	MPT5	P39016	859 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.63	□□□□□ -1.19	not detected
VAR1	Q0140	ELA1	P53861	379 aa	Predicted RBP	7.63	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	CTR9	P89105	1077 aa		7.62	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	TAT2	P38967	592 aa		7.61	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	TTI1	P36097	1038 aa		7.6	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	YGR045C	P53229	120 aa		7.6	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	NPR1	P22211	790 aa		7.59	□□□□□ -1.19
VAR1	Q0140	SMC1	P32908	1225 aa		7.58	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	UTP22	P53254	1237 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	CMR1	Q12510	522 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	NNK1	P36003	928 aa		7.57	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	FOL2	P51601	243 aa	Known RBP	7.57	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	COB	P00163	385 aa		7.56	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	TRM2	P33753	639 aa		7.56	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	RIM11	P38615	370 aa		7.56	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	PUS7	Q08647	676 aa	Known RBP	7.56	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	MSE1	P48525	536 aa		7.55	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	YDR132C	Q03900	495 aa		7.55	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	TPP1	Q03796	238 aa		7.53	□□□□□ -1.2
VAR1	Q0140	HGH1	P48362	394 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	PRP5	P21372	849 aa	Predicted RBP	7.51	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	SPT20	P50875	604 aa		7.51	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	DUR3	P33413	735 aa		7.5	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	AVO1	Q08236	1176 aa		7.5	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	SAM35	P14693	329 aa		7.49	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	RRN6	P32786	894 aa		7.49	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	CWC15	Q03772	175 aa	Known RBP	7.49	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	PUP1	P25043	261 aa		7.47	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	SUN4	P53616	420 aa		7.47	□□□□□ -1.21
VAR1	Q0140	YHL012W	P38709	493 aa		7.46	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	PNP1	Q05788	311 aa		7.44	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	RAD53	P22216	821 aa		7.43	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	NMD3	P38861	518 aa	Known RBP	7.43	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	AIM26	P32858	118 aa		7.42	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-LR4	P0C2I8	440 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-DR6	P0CX70	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-ER1	P0CX71	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-LR2	P0CX72	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-PL	P0CX73	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-JR1	P0CX74	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-LR3	P0CX75	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-ML2	P0CX76	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	GCN5	Q03330	439 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-GR1	Q12085	440 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	LSO1	Q3E827	93 aa		7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-PR3	Q6Q5H1	440 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	TY1A-OL	Q92392	440 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	MEF2	P39677	819 aa		7.4	□□□□□ -1.22
VAR1	Q0140	MDL2	P33311	773 aa		7.39	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	CTF4	Q01454	927 aa		7.39	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	CPS1	P27614	576 aa		7.38	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	ECM2	P38241	364 aa	Known RBP	7.38	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	LAM1	P38851	1228 aa		7.38	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	YOR352W	Q08816	343 aa		7.38	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	ARL1	P38116	183 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	SGD1	Q06132	899 aa		7.37	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	HCM1	P25364	564 aa		7.36	□□□□□ -1.23
VAR1	Q0140	YLR257W	Q06146	321 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	AIM21	P40563	679 aa		7.32	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	CHS7	P38843	316 aa		7.31	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	RET1	P22276	1149 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	UBP3	Q01477	912 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.29	□□□□□ -1.24	not detected
VAR1	Q0140	NTO1	Q12311	748 aa		7.29	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	SLS1	P42900	643 aa		7.28	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	SAP155	P43612	1002 aa		7.28	□□□□□ -1.24
VAR1	Q0140	SRO9	P25567	434 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	PMI40	P29952	429 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	SPS1	P08458	490 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	YAR028W	P39548	234 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	SNM1	P40993	198 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	RSC4	Q02206	625 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	ROT1	Q03691	256 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	YML083C	Q04526	418 aa		7.26	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	PUF4	P25339	888 aa	Known RBP RIP-Chip data	7.25	□□□□□ -1.25	not detected
VAR1	Q0140	ENV11	P53246	860 aa		7.25	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	DUS4	Q06063	367 aa		7.25	□□□□□ -1.25
VAR1	Q0140	MCM6	P53091	1017 aa	Known RBP	7.24	□□□□□ -1.25

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