RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TPD3	P31383	635 aa		4.65	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ATF2	P53296	535 aa		4.65	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	MAK21	Q12176	1025 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	GIN4	Q12263	1142 aa		4.65	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TY4B-H	P0C2J7	1802 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TY4B-J	P47024	1803 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SUP35	P05453	685 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SES1	P07284	462 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SLD2	P34252	453 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TLG1	Q03322	224 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NDL1	Q06568	189 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	FKS3	Q04952	1785 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	BIK1	P11709	440 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SAP1	P39955	897 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RTR1	P40084	226 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HYR1	P40581	163 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HOT1	Q03213	719 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YLL054C	Q12244	843 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RAD50	P12753	1312 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TY1B-A	O13527	1196 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	PSO2	P30620	661 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TPS3	P38426	1054 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SIT1	P39980	628 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	COX6	P00427	148 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TAF13	P11747	167 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YMR124W	P39523	943 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HOS4	P40480	1083 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.62	□□□□□ -1.67	not detected
VHS3	YOR054C	RRP46	P53256	223 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	GCR2	Q01722	534 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YML020W	Q03722	664 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	AOS1	Q06624	347 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	UGA2	P38067	497 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	BRN1	P38170	754 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RFC5	P38251	354 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	IAH1	P41734	238 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	APL6	P46682	809 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	VID30	P53076	958 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SPO19	Q03029	223 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	COG4	Q06096	861 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NKP2	Q06162	153 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NFI1	Q12216	726 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RTC1	Q08281	1341 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YME2	P32843	850 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	CSE4	P36012	229 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	EDS1	P38073	919 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RGD1	P38339	666 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SEC26	P41810	973 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	UBX2	Q04228	584 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	THI22	Q06490	572 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YRF1-4	O13559	1382 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	LYS2	P07702	1392 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YML133C	Q03099	1374 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YLL067C	Q07888	1374 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YLL066C	Q99208	1374 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NUF2	P33895	451 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ESL2	P36168	1195 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HXT13	P39924	564 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	CTK3	P46963	296 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HEF3	P53978	1044 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HPC2	Q01448	625 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ARO80	Q04052	950 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RAV1	P47104	1357 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	RNR2	P09938	399 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	PET123	P17558	318 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	PDI1	P17967	522 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	PHO87	P25360	923 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YBL086C	P38177	466 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	STS1	P38637	319 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NPR3	P38742	1146 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	PEA2	P40091	420 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TGL3	P40308	642 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	CTH1	P47976	325 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	SRC1	Q03707	834 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YOR389W	Q08912	624 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	DUR1,2	P32528	1835 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	TRP5	P00931	707 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ATE1	P16639	503 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	MRPS28	P21771	286 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	HEL1	P36113	551 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ILV3	P39522	585 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	MPH1	P40562	993 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	LEM3	P42838	414 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	YJR142W	P47173	342 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ALD2	P47771	506 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	NHA1	Q99271	985 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VHS3	YOR054C	ARD1	P07347	238 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SSA2	P10592	639 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	MCM1	P11746	286 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SPE2	P21182	396 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	HXT17	P53631	564 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	RRB1	Q04225	511 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	YDR338C	Q05497	695 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	OMS1	Q06668	471 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	NOP56	Q12460	504 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.58	□□□□□ -1.68	not detected
VHS3	YOR054C	TRS33	Q99394	268 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VHS3	YOR054C	SIR4	P11978	1358 aa		4.58	□□□□□ -1.68

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