RNA–Protein interactions for RNA: YHR170W

NMD3, Transcript of Protein involved in nuclear export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene NMD3, Length 1,557 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NMD3	YHR170W	SFP1	P32432	683 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YHR020W	P38708	688 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	BCD1	P38772	366 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SPT8	P38915	602 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	NET1	P47035	1189 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YGR125W	P53273	1036 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PTA1	Q01329	785 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	HOS3	Q02959	697 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SLD5	Q03406	294 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	DUS4	Q06063	367 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	GUD1	Q07729	489 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YAP7	Q08182	245 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	APL4	Q12028	832 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ERP3	Q12403	225 aa		4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	RPL11B	Q3E757	174 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	DAL7	P21826	554 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PIN4	P34217	668 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.94	□□□□□ -1.62	not detected
NMD3	YHR170W	BAP2	P38084	609 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	REG2	P38232	338 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ERC1	P38767	581 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	RPN3	P40016	523 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TOS3	P43637	560 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PFD1	P46988	109 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ATG16	Q03818	150 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CRD1	Q07560	283 aa		4.94	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PGK1	P00560	416 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SRD1	P09007	221 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	OM45	P16547	393 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PRP22	P24384	1145 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	EUG1	P32474	517 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TOA1	P32773	286 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YEL1	P34225	687 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	MIP6	P38760	659 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	NBP1	P52919	319 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TOF1	P53840	1238 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	VPS75	P53853	264 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ARK1	P53974	638 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	RBA50	Q04418	439 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	FUS2	Q05670	677 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YOR059C	Q08448	450 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CWC2	Q12046	339 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TMA17	Q12513	150 aa		4.93	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TKL1	P23254	680 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	MRP8	P35719	219 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YKR018C	P36114	725 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YKR073C	P36153	106 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PCH2	P38126	564 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YHL012W	P38709	493 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CTM1	P38818	585 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	UBP5	P39944	805 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	FIS1	P40515	155 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	IRR1	P40541	1150 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	HUL4	P40985	892 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TFG2	P41896	400 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	IES1	P43579	692 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YJR120W	P47157	116 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SCS3	P53012	380 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CNM67	P53865	581 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SND1	Q04007	877 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YMR321C	Q04898	105 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PHM6	Q05637	104 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SPO75	Q07798	868 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ISA1	Q07821	250 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	FMP25	Q08023	583 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TRE1	Q08919	783 aa		4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TMA7	Q3E764	64 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CYC7	P00045	113 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PHO13	P19881	312 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	CDC11	P32458	415 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	EBP2	P36049	427 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	DBP7	P36120	742 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	PXL1	P36166	706 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	APE3	P37302	537 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	AVT1	P47082	602 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	HLJ1	P48353	224 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	HFM1	P51979	1187 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YGR021W	P53212	290 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TNA1	P53322	534 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TCO89	Q08921	799 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	OSH2	Q12451	1283 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YUR1	P26725	428 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SLA2	P33338	968 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YKL151C	P36059	337 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SAP190	P36123	1033 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	RPS7B	P48164	190 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ZPR1	P53303	486 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	SSY1	Q03770	852 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	NTG2	Q08214	380 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	YPL277C	Q08989	487 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	ATG9	Q12142	997 aa		4.91	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	MOT1	P32333	1867 aa		4.9	□□□□□ -1.62
NMD3	YHR170W	TY1B-A	O13527	1196 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SBP1	P10080	294 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	SPO11	P23179	398 aa		4.9	□□□□□ -1.63
NMD3	YHR170W	ETP1	P38748	585 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 12.2 ms