RNA–Protein interactions for RNA: YJL033W

HCA4, Transcript of DEAD box RNA helicase, yeast

Gene HCA4, Length 2,313 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
HCA4	YJL033W	IQG1	Q12280	1495 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CIT1	P00890	479 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	GAL10	P04397	699 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YHR020W	P38708	688 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	LAM1	P38851	1228 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CCC2	P38995	1004 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	HUL4	P40985	892 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CDA2	Q06703	312 aa		4.75	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	SRM1	P21827	482 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RPC82	P32349	654 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YRO2	P38079	344 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	PBP1	P53297	722 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	XYL2	Q07993	356 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NUP159	P40477	1460 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RNQ1	P25367	405 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	ECM21	P38167	1117 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	GGA2	P38817	585 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	AIM44	Q99299	758 aa		4.74	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	MEF2	P39677	819 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YER158C	P40095	573 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	ROT1	Q03691	256 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	LCD1	Q04377	747 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	TSL1	P38427	1098 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CCM1	P48237	864 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	PLB2	Q03674	706 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YDL124W	Q07551	312 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RPA190	P10964	1664 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	SRB8	P25648	1427 aa		4.73	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	SOD2	P00447	233 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RPS13	P05756	151 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YKL091C	P33324	310 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RSP5	P39940	809 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	ZRG8	P40021	1076 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RIM8	P53179	542 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	RPN4	Q03465	531 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YPR196W	Q06595	470 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NTE1	Q04958	1679 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	PRP6	P19735	899 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NPP1	P25353	742 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	AFR1	P33304	620 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	YBR284W	P38150	797 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	AIM3	P38266	947 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NPP2	P39997	493 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	IRC24	P40580	263 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.72	□□□□□ -1.65	not detected
HCA4	YJL033W	GCN5	Q03330	439 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	TAF8	Q03750	510 aa		4.72	□□□□□ -1.65
HCA4	YJL033W	ENA1	P13587	1091 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	GAL11	P19659	1081 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	TAF5	P38129	798 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	CHZ1	P40019	153 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	CWC22	P53333	577 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	SFB2	P53953	876 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	ENA2	Q01896	1091 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YPL277C	Q08989	487 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YPR071W	Q12346	211 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	ENA5	Q12691	1091 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	IRC20	Q06554	1556 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	REC104	P33323	182 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	PET10	P36139	283 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YBR238C	P38330	731 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	MND2	P40577	368 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	RPS0B	P46654	252 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YKE2	P52553	114 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YGR012W	P53206	393 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	BUL2	Q03758	920 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YDR132C	Q03900	495 aa		4.71	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	CAN1	P04817	590 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	HSF1	P10961	833 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	DOM34	P33309	386 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	OPY1	P38271	328 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	DUS4	Q06063	367 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	RXT3	Q07458	294 aa		4.7	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	RPP2A	P05319	106 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	UBP5	P39944	805 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	TOK1	P40310	691 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	GTF1	P53260	183 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	GPB1	Q08886	897 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	SPO14	P36126	1683 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	RPO21	P04050	1733 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	MSD1	P15179	658 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	SRP101	P32916	621 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	POA1	P38218	177 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	SPT20	P50875	604 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	EAF7	P53911	425 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	CDA1	Q06702	301 aa		4.69	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	UBP6	P43593	499 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	FPR4	Q06205	392 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	CAT8	P39113	1433 aa		4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	YSP2	Q06681	1438 aa		4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	TOP3	P13099	656 aa		4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	TOD6	P34219	525 aa		4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	FPR3	P38911	411 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	OSW7	P43611	510 aa		4.68	□□□□□ -1.66
HCA4	YJL033W	TPO1	Q07824	586 aa		4.68	□□□□□ -1.66

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 15.6 ms