Protein–RNA interactions for Protein: O75940

SMNDC1, Survival of motor neuron-related-splicing factor 30, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 238 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMNDC1O75940 RNU6-9-201ENST00000384776 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.631e-323■■■■■ 3784.5
SMNDC1O75940 RNU6-25P-201ENST00000383873 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.632e-106■■■■■ 567.8
SMNDC1O75940 RNU6-45P-201ENST00000384471 107 ntBASIC5.17□□□□□ -1.582e-31■■■■■ 420.4
SMNDC1O75940 SCARNA17-201ENST00000516183 144 ntBASIC-1.07□□□□□ -2.583e-66■■■■■ 244.9
SMNDC1O75940 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.737e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.627e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.057e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 RNU6-16P-201ENST00000384385 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.637e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 AP003716.1-203ENST00000533670 613 ntTSL 3 BASIC10.58□□□□□ -0.722e-46■■■■■ 210.4
SMNDC1O75940 RNU6-46P-201ENST00000383860 107 ntBASIC0.13□□□□□ -2.392e-46■■■■■ 210.4
SMNDC1O75940 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC1.56□□□□□ -2.163e-14■■■■■ 206.7
SMNDC1O75940 RFC1-201ENST00000349703 4859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.75□□□□□ -1.331e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 RFC1-202ENST00000381897 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.441e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 RNU6-32P-201ENST00000383948 107 ntBASIC3.25□□□□□ -1.891e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.868e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.58e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-207ENST00000567404 763 ntTSL 38.58□□□□□ -1.048e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 RNU6-1005P-201ENST00000384519 107 ntBASIC7.82□□□□□ -1.162e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-211ENST00000615720 2890 ntTSL 2 BASIC5.8□□□□□ -1.488e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-208ENST00000568826 376 ntTSL 35.23□□□□□ -1.578e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 LINC00854-214ENST00000615433 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 58.32□□□□□ -1.083e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 LINC00854-204ENST00000594691 649 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC7.76□□□□□ -1.173e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 U2.6-201ENST00000619225 191 ntBASIC4.17□□□□□ -1.743e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 CCDC102B-211ENST00000584775 1179 ntTSL 1 (best)10.16□□□□□ -0.785e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-202ENST00000577772 1537 ntTSL 26.66□□□□□ -1.345e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-203ENST00000577800 589 ntTSL 36.14□□□□□ -1.435e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-210ENST00000584156 1554 ntTSL 1 (best) BASIC6.01□□□□□ -1.455e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 RNU6-39P-201ENST00000384344 107 ntBASIC5.85□□□□□ -1.475e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-206ENST00000581103 324 ntTSL 54.03□□□□□ -1.765e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-201ENST00000360242 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.68□□□□□ -1.825e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 RNU6-12P-201ENST00000384604 107 ntBASIC3.25□□□□□ -1.892e-51■■■■■ 180.7
SMNDC1O75940 RNU2-36P-201ENST00000410361 191 ntBASIC5.59□□□□□ -1.512e-38■■■■■ 166.4
SMNDC1O75940 RNU6-6P-201ENST00000606623 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.637e-49■■■■■ 164.1
SMNDC1O75940 PUM1-220ENST00000529846 683 ntTSL 34.78□□□□□ -1.642e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 PUM1-219ENST00000527498 652 ntTSL 34.7□□□□□ -1.662e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 PUM1-216ENST00000525997 650 ntTSL 34.65□□□□□ -1.672e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 EGF-207ENST00000509996 1464 ntTSL 1 (best)13.84□□□□□ -0.195e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-201ENST00000265171 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.785e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-206ENST00000509793 4489 ntTSL 2 BASIC9.63□□□□□ -0.875e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-204ENST00000503392 3642 ntTSL 1 (best) BASIC9.02□□□□□ -0.975e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 RNU6-35P-201ENST00000384530 107 ntBASIC0.12□□□□□ -2.395e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.211e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-205ENST00000592094 1042 ntTSL 1 (best)15.86■□□□□ 0.131e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-201ENST00000341011 2303 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.551e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-202ENST00000586231 2890 ntTSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.571e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-204ENST00000588654 541 ntTSL 410.75□□□□□ -0.691e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 RNU2-4P-201ENST00000606190 192 ntBASIC4.17□□□□□ -1.741e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 SOX2-OT-241ENST00000626948 836 ntTSL 512.15□□□□□ -0.463e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-256ENST00000630482 1012 ntTSL 510.94□□□□□ -0.663e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-201ENST00000460739 609 ntTSL 4 BASIC10.62□□□□□ -0.713e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-215ENST00000493521 1239 ntTSL 3 BASIC9.13□□□□□ -0.953e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-226ENST00000597347 1342 ntTSL 58.66□□□□□ -1.023e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-204ENST00000469278 561 ntTSL 47.48□□□□□ -1.213e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-214ENST00000493116 560 ntTSL 47.29□□□□□ -1.243e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 RNU6-4P-201ENST00000384205 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.633e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 RNU6-647P-201ENST00000364243 107 ntBASIC3.4□□□□□ -1.874e-29■■■■■ 132.6
SMNDC1O75940 ZNF420-209ENST00000590332 541 ntTSL 413.23□□□□□ -0.296e-28■■■■■ 130.4
SMNDC1O75940 ZNF420-205ENST00000587029 612 ntTSL 412.99□□□□□ -0.336e-28■■■■■ 130.4
SMNDC1O75940 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.132e-66■■■■■ 120.9
SMNDC1O75940 SNHG22-202ENST00000615535 421 nt13.73□□□□□ -0.212e-66■■■■■ 120.9
SMNDC1O75940 SH3BP1-202ENST00000417536 2858 ntTSL 219.45■□□□□ 0.71e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.691e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 SH3BP1-206ENST00000469947 2612 ntTSL 214.61□□□□□ -0.071e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 SH3BP1-203ENST00000451997 3123 ntTSL 213.56□□□□□ -0.241e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 RNU6-36P-201ENST00000384172 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.634e-53■■■■■ 117.3
SMNDC1O75940 RNU2-23P-201ENST00000410545 195 ntBASIC5.32□□□□□ -1.562e-24■■■■■ 115
SMNDC1O75940 RNU6-463P-201ENST00000384340 107 ntBASIC6.07□□□□□ -1.442e-43■■■■■ 112.3
SMNDC1O75940 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.98■■□□□ 1.272e-31■■■■■ 107.7
SMNDC1O75940 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-202ENST00000464720 1665 ntTSL 1 (best)16.23■□□□□ 0.192e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.122e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-208ENST00000486082 994 ntTSL 315.29■□□□□ 0.042e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.032e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-207ENST00000478104 986 ntTSL 313.22□□□□□ -0.292e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-203ENST00000464813 1071 ntTSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.522e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-204ENST00000466759 368 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.532e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-209ENST00000498220 679 ntTSL 37.97□□□□□ -1.132e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 ACTG1P20-201ENST00000486001 468 ntBASIC7.95□□□□□ -1.142e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 RNU6-48P-201ENST00000384161 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.632e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.26e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.036e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-201ENST00000366521 860 ntTSL 210.93□□□□□ -0.666e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-213ENST00000497591 1201 ntTSL 510.7□□□□□ -0.76e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-208ENST00000473686 906 ntTSL 59.58□□□□□ -0.886e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-212ENST00000495271 744 ntTSL 59.28□□□□□ -0.926e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-211ENST00000487845 1389 ntTSL 28.3□□□□□ -1.086e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-204ENST00000391837 738 ntTSL 57.96□□□□□ -1.146e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-207ENST00000447569 527 ntTSL 2 BASIC7.9□□□□□ -1.146e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-215ENST00000549220 557 ntTSL 47.26□□□□□ -1.256e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-216ENST00000551317 520 ntTSL 36.95□□□□□ -1.36e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-205ENST00000425550 550 ntTSL 36.32□□□□□ -1.46e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 RNU2-64P-201ENST00000411315 191 ntBASIC5.27□□□□□ -1.571e-17■■■■■ 96.6
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-211ENST00000479584 611 ntTSL 311.12□□□□□ -0.632e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-205ENST00000425647 2747 ntTSL 210.56□□□□□ -0.722e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-204ENST00000416449 3902 ntTSL 58.53□□□□□ -1.042e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-207ENST00000468989 577 ntTSL 46.82□□□□□ -1.322e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC3.02□□□□□ -1.936e-49■■■■■ 94.5
SMNDC1O75940 RNU6-637P-201ENST00000384050 107 ntBASIC5.33□□□□□ -1.562e-21■■■■■ 93.4
SMNDC1O75940 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.061e-68■■■■■ 93.1
Retrieved 100 of 11,362 protein–RNA pairs in 53.5 ms