Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms