Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
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