Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXC11O43248 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms