Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS54Q9P1Q0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms