Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

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Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRERF1Q96PN7 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
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