Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms