Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP4Q13107 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP4Q13107 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP4Q13107 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
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