Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
MSX1P28360 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms