Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms