Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIM2P55344 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIM2P55344 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIM2P55344 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms