Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXD4P09016 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms