Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC28BQ9BUN5 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms