Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC112Q8NEF3 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms