Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms