Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXC11O43248 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms