Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC39Q9UFE4 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC39Q9UFE4 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms