Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP28Q96RU2 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP28Q96RU2 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
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