Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms