Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TRIM28Q13263 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.07■■■□□ 2.73
TRIM28Q13263 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC32.01■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
TRIM28Q13263 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC32■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC32■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC31.99■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
TRIM28Q13263 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC31.92■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.9■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC31.9■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
TRIM28Q13263 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC31.88■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
TRIM28Q13263 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TRIM28Q13263 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
TRIM28Q13263 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
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