Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NKX3-2P78367 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NKX3-2P78367 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
NKX3-2P78367 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX3-2P78367 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX3-2P78367 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms