Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NEK3P51956 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NEK3P51956 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NEK3P51956 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NEK3P51956 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
NEK3P51956 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
NEK3P51956 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NEK3P51956 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
NEK3P51956 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
NEK3P51956 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NEK3P51956 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NEK3P51956 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NEK3P51956 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
NEK3P51956 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NEK3P51956 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
NEK3P51956 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
NEK3P51956 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NEK3P51956 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NEK3P51956 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NEK3P51956 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
NEK3P51956 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
NEK3P51956 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NEK3P51956 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NEK3P51956 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NEK3P51956 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NEK3P51956 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
NEK3P51956 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
NEK3P51956 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NEK3P51956 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NEK3P51956 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
NEK3P51956 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NEK3P51956 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NEK3P51956 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NEK3P51956 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NEK3P51956 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NEK3P51956 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NEK3P51956 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
NEK3P51956 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NEK3P51956 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
NEK3P51956 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NEK3P51956 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NEK3P51956 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NEK3P51956 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
NEK3P51956 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
NEK3P51956 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
NEK3P51956 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NEK3P51956 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NEK3P51956 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
NEK3P51956 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NEK3P51956 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
NEK3P51956 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
NEK3P51956 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
NEK3P51956 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
NEK3P51956 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
NEK3P51956 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
NEK3P51956 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
NEK3P51956 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
NEK3P51956 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
NEK3P51956 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
NEK3P51956 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
NEK3P51956 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
NEK3P51956 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
NEK3P51956 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
NEK3P51956 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
NEK3P51956 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
NEK3P51956 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NEK3P51956 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NEK3P51956 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NEK3P51956 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NEK3P51956 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms