Protein–RNA interactions for Protein: P48066

SLC6A11, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 3, humanhuman

Predictions only

Length 632 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A11P48066 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SLC6A11P48066 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SLC6A11P48066 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SLC6A11P48066 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SLC6A11P48066 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SLC6A11P48066 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SLC6A11P48066 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SLC6A11P48066 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SLC6A11P48066 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
SLC6A11P48066 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SLC6A11P48066 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SLC6A11P48066 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SLC6A11P48066 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SLC6A11P48066 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SLC6A11P48066 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms