Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS1P48059 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMS1P48059 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS1P48059 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121 ms