Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TNFRSF4P43489 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
TNFRSF4P43489 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TNFRSF4P43489 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
TNFRSF4P43489 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms