Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC31.02■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
SCN4AP35499 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC30.96■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
SCN4AP35499 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC30.92■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
SCN4AP35499 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.84■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
SCN4AP35499 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
SCN4AP35499 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SCN4AP35499 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms