Protein–RNA interactions for Protein: P0CW20

LIMS4, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS4P0CW20 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS4P0CW20 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS4P0CW20 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS4P0CW20 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMS4P0CW20 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS4P0CW20 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms