Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC11O43248 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXC11O43248 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC11O43248 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC11O43248 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC11O43248 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXC11O43248 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXC11O43248 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms