Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BRPF3Q9ULD4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms