Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms