Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
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HOXD3P31249 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HOXD3P31249 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
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