Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP4Q13107 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP4Q13107 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP4Q13107 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
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USP4Q13107 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP4Q13107 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
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