Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 OSBPL3-207ENST00000409759 3219 ntTSL 511.81□□□□□ -0.523e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 OSBPL3-204ENST00000409069 2614 ntTSL 1 (best) BASIC10.02□□□□□ -0.813e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 OSBPL3-202ENST00000396429 2707 ntTSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.863e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 OSBPL3-205ENST00000409452 3344 ntTSL 1 (best)9.37□□□□□ -0.913e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 OSBPL3-203ENST00000396431 2969 ntTSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.923e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 OSBPL3-206ENST00000409555 3088 ntTSL 59□□□□□ -0.973e-8■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 TRAP1-207ENST00000571804 781 ntTSL 520.67■□□□□ 0.98e-15■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 FOXK1-201ENST00000328914 11181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.162e-6■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 ZNF692-225ENST00000533614 553 ntTSL 421.02■□□□□ 0.961e-18■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 ZNF692-229ENST00000534456 587 ntTSL 416.5■□□□□ 0.231e-18■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 ZNF692-218ENST00000496053 694 ntTSL 316.46■□□□□ 0.231e-18■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 ZNF692-223ENST00000530699 896 ntTSL 1 (best)15.9■□□□□ 0.141e-18■■■■□ 24.8
SF3A3Q12874 MTG1-206ENST00000492266 413 ntTSL 29.88□□□□□ -0.834e-39■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.111e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.235e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EDC4-204ENST00000572221 5267 ntTSL 222.33■■□□□ 1.165e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EDC4-202ENST00000536072 2375 ntTSL 217.24■□□□□ 0.355e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EDC4-208ENST00000574770 1425 ntTSL 513.95□□□□□ -0.185e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.259e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.869e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.859e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.844e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.799e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-205ENST00000537237 1296 ntTSL 526.13■■□□□ 1.779e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-203ENST00000447878 1644 ntTSL 225.63■■□□□ 1.699e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-204ENST00000526624 907 ntTSL 325.26■■□□□ 1.639e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.619e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.589e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDCD2-201ENST00000167218 1118 ntTSL 524.69■■□□□ 1.549e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.499e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-218ENST00000548920 1358 ntTSL 524.37■■□□□ 1.499e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-222ENST00000630907 889 ntTSL 524.23■■□□□ 1.474e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.459e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.451e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.399e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-279ENST00000515529 340 ntTSL 423.72■■□□□ 1.399e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 SETD6-210ENST00000468223 584 ntTSL 423.67■■□□□ 1.382e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.319e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-211ENST00000435855 2281 ntTSL 222.99■■□□□ 1.272e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.249e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.189e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCE1-207ENST00000533277 2719 ntTSL 222.4■■□□□ 1.181e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.179e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.179e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.159e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-209ENST00000496108 2222 ntTSL 222.11■■□□□ 1.139e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.139e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDCD2-214ENST00000545869 900 ntTSL 522.07■■□□□ 1.129e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.129e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.119e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.12e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.072e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.076e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.079e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.069e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.059e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-207ENST00000484050 551 ntTSL 421.59■■□□□ 1.059e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.049e-8■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.029e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 12e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-217ENST00000546536 1089 ntTSL 221.21■□□□□ 0.999e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSTA3-214ENST00000531473 2220 ntTSL 1 (best)21.16■□□□□ 0.982e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.972e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.979e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.972e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.979e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-215ENST00000463869 849 ntTSL 321.09■□□□□ 0.979e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-210ENST00000443229 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 521.07■□□□□ 0.969e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-205ENST00000504168 884 ntTSL 521.01■□□□□ 0.959e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PPP1R37-204ENST00000540059 1719 ntTSL 220.98■□□□□ 0.959e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.944e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCE1-203ENST00000524849 1428 ntTSL 1 (best)20.93■□□□□ 0.941e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.949e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.936e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.929e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.919e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PSMA7-205ENST00000484488 1023 ntTSL 320.57■□□□□ 0.881e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RBM38-201ENST00000342690 852 ntTSL 320.56■□□□□ 0.889e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.889e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MED26-203ENST00000598492 539 ntTSL 420.48■□□□□ 0.879e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.856e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.859e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.856e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.859e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.831e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-217ENST00000618597 3013 ntTSL 220.19■□□□□ 0.822e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.829e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.819e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.819e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.819e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-209ENST00000432805 1144 ntAPPRIS ALT2 TSL 520.09■□□□□ 0.819e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.819e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.812e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.81e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.799e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-215ENST00000488997 541 ntTSL 419.92■□□□□ 0.782e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.789e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-219ENST00000551054 1074 ntTSL 1 (best)19.84■□□□□ 0.779e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NUP188-209ENST00000491990 381 ntTSL 519.84■□□□□ 0.779e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-213ENST00000626793 733 ntTSL 519.79■□□□□ 0.764e-6■■■■□ 24.7
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