Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP28Q96RU2 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms