Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC112Q8NEF3 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms