Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDCBPO00560 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms