Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SF3A1Q15459 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms