Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HIF3AQ9Y2N7 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms