Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms