Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMC4Q9NTJ3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMC4Q9NTJ3 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms