Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX1P48742 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX1P48742 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX1P48742 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX1P48742 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX1P48742 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX1P48742 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX1P48742 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms