Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms