Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC140Q96MF4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms